Situé au confluent de trois rivières : la Saône, du Doubs et de la Dheune, Bragny sur Saône compte près de 570 habitants. Les nombreux sites découverts montrent que l'emplacement a été occupé depuis les temps préhistoriques
Bragny sur Saône, situé à 2 km au nord de Verdun sur le Doubs, est séparé du chef-lieu de canton par la Saône. Le site de Bragny entouré aux trois quarts par les rivières de la Saône et de la Dheune, est habité depuis la préhistoire. Des artisans travaillant le fer s'étaient fixés sur les bords de Saône. On a retrouvé, au cours des fouilles, des traces de maisons en bois et torchis remontant à l'époque de Hallstatt (800 à 500 avant Jésus Christ).
Puis le village s'installe sur la terrasse qui domine la Saône d'une vingtaine de mètres, ce qui la met à l'abris des inondations. Pontus de Thiard (1521-1605), poète célèbre, membre de la Pléiade, passa les 15 dernières années de sa vie au château de Bragny. Celui-ci fut incendié par les Austro Comtois en 1636, avec le village et son église.
Il ne reste aucun monument antérieur à cette époque. Au hameau de la Barre, subsiste toutefois un moulin sur la Dheune, très partiellement reconstruit au 18e siècles.
La commune s'étend sur 1479 ha de terres dont certaines ont été enrichies par les alluvions récents. Les prairies des bords de la Saône étaient déjà réputées avant la Révolution, pour la qualité de leur foin.
Ce qui fait le charme de ce village, ce sont les bords de ses rivières, fréquentés par les pêcheurs et sa situation dominante dans un environnement relativement plat. On peut admirer en particulier les couchers de soleil qui incendient la Côte aux environs de Beaune.